突然 R.java が認識されなくなる，もしくは新規で追加した ID が自動更新で追加されなくなることがちょいちょいあります．

R.java の保存先

R.java は Android Studio によって自動生成される，リソース ID を管理するファイルで，./app/build/generated/source/r/debug/URI に保存されています．

R.java に追加した ID が反映されないとき

XML レイアウトファイルで android:id="@+id/new_id" したとき，先ほどまでは自動更新で追加されていたはずなのに，突然認識してくれなくなる事件が起きました．

プロジェクトを保存して閉じ，Android Studio を再起動して開いたら直ってました．

R.java 自体が認識できないとき

java ファイルで ID を引数にしようとしたときに，R.java の存在自体が読み込めずに R が赤くハイライトされてしまう事件もありました．XML にエラーがあるときなどに R.java ファイルごと消えるケースがあるらしいです．

XML ファイル上のエラーを取り除いて上書き保存すると直ることがあるらしいですが，だめだったので Build > Clean Project を実行すると直りました．