JPEG や PNG 等のラスタ形式の画像は拡大すると見た目が残念なことになるので，自由に画像サイズを変更したい場合には向きません．論文であれば EPS 或いは PDF が無難です．
ユーザ認証を必要とする GitHub との通信の度にユーザ名やパスワードを入力するのは面倒でセキュリティ的にも微妙なので，SSH 鍵認証の利用がおすすめです．
複数人で開発するときや GitHub 等で公開するときにサブモジュール化することで一部のディレクトリを非公開状態にすることができます．
ターミナルなどからリモートサーバに SSH 接続して Python などを実行している場合，SSH 接続が切れると同時にプログラムも止まってしまいます．